Tra il 1640 e il 1644, allo scopo di rafforzare le difese poco sopra il punto in cui si incontrano le valli del Pora e dell'Aquila, venne edificato un forte, Forte S. Giovanni, che adattandosi alla conformazione orografica inglobò l'antico torrione medioevale (ricordato dal Filelfo e di cui si ha notizia da un disegno del 1571) che raccordava le mura di Finalborgo sul monte Becchignolo. I lavori furono diretti da Ferdinando Glazer.     

La costruzione si sviluppò con una tenaglia sul fronte meridionale e da una serie di cortine costituite da un'alta scarpa con cordolo di coronamento e basso parapetto sovrastante, priva d'aperture e con guardiole pensili sugli spigoli. Ulteriori interventi sulla fortezza furono guidati dall'ingegnere spagnolo Gaspare Beretta tra il 1674 ed il 1678.

La fortezza fu abbandonata dagli spagnoli nel 1707 e, dopo la sottomissione a Genova nel 1713, venne parzialmente distrutta. Nel 1822 fu adattata a penitenziario. Dal 1960 è di proprietà demaniale e negli ultimi anni è stata interamente restaurata.